Ultraäänitutkimusta käytetään ensisijaisesti vatsaontelon ja sen elinten sekä sydämen tutkimiseen. Jonkin verran ultraäänellä tutkitaan silmiä ja jänteitä.

Vatsaontelossa ultraäänitutkimus etenee järjestelmällisesti elinryhmä kerrallaan. Virtsateissä voidaan todeta virtsarakon seinämän muutoksia, rakon asentovirheitä ja virtsakiviä. Munuaisten koko ja rakenne voidaan arvioida. Kissoille tehdään jalostusta varten munuaisten ultraäänitutkimuksia perityvien munuaissairauksien toteamiseksi.
Kohdun ja eturauhasen rakenteesta ja sairauksista saadaan parhaiten tietoa ultraäänitutkimuksella.
Suolistossa voidaan tutkia suolen seinämän rakennetta, suoliliepeen imusolmukkeita, kaasun kertymistä ja suolen motiliteettia. Vatsaontelon etuosassa tärkeimmät tutkimuskohteet ovat pernan ja maksan rakenne ja verisuonitus. Haiman tutkimus edellyttää hyvälaatuista laitteistoa ja kokemusta tutkimuksen suorittajalta.

Sydäntutkimuksissa ultraäänitutkimus on tärkein menetelmä. Sydäntutkimus asettaa ultraäänilaitteistolle korkeat vaatimukset ja tutkimusmenetelmään perehtyminen vie tavallisesti useita vuosia. Sydämestä tutkitaan eri osastojen koko ja seinämäpaksuudet sekä sydämen supistumiskyky. Sydämen toimintaa voidaan arvioida erilaisilla mittauksilla joilla saadaan tietoa sydämen suorituskyvystä toimintasyklin eri vaiheissa. Tärkeä osa sydäntutkimusta on veren virtausta havainnollistava  dopplertutkimus. Dopplertutkimuksessa virtaus muutetaan joko värikartaksi tai spektrikuvaksi josta mitataan tärkeimpänä tietona virtausnopeus.
Dopplertutkimus on erityisen käyttökelpoinen synnynnäisten sydänsairauksien tutkimisessa.

Koirilla ja kissoilla tavataan periytyviä sydänsairauksia ja ultraäänitutkimukset näiden sairauksien toteamiseksi ovat yleistyneet nopeasti. Klinikallamme on valmiudet näiden tutkimusten suorittamiseen ja kissojen jalostustutkimusten tulokset hyväksytään myös Pawpeds terveysohjelmaan.